亚当问上帝，为什么世间万物独有我如此孤独？于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。
公元1997年2月23日，生物进化史上第一只体细胞无性克隆哺乳动物多莉羊诞生。
人类对自己手中拥有了神的力量感到害怕，但也有人喊出了踢翻上帝宝座的誓言：
God's in his heaven,all rights with the world！--Seele座右铭
公元2004年，三岁的碇真嗣被带到位于箱根的人工进化研究所（GEHIRUN的对外名称）地下第二实验场，亲眼目睹了自己的母亲在初号机中化为次量子状态（同步率百分之四百）。不久之后，碇源渡将小真嗣托付给了住在远方的一位老师，父亲绝情离去的背影成为了真嗣心中的恶梦，在长大后仍不断跃出脑海......
但他并不知道父亲与其背后的Seele正在从事的浩大工作。第二次冲击后，位于日本相模湾边的箱根地区下的巨大球形空间内，成百万吨的沙土被移走，地表中装置了二十二层装甲防护，可谓是固若金汤，人类进化研究所就以此为基地，Lilith则被钉在了更深地层下的中央教条区中。作为人类补完计划的补助，平行实行了E计划，从南极运来的已经失去S^2机关的第二使徒被装上了拘束装甲，成为人类未来补完的重要工具--EVA初号机，并且对其进行仿制得到了一部没有灵魂的EVA零号机。然而没有灵魂同步的EVA便无法使用，唯一的办法是提取Lilith的灵魂物质制造了一个拥有使徒能力的克隆人，并使其听命于人类。
与此同时，人类补完计划与E计划的主要实施者之一的碇唯却在暗中计划反叛seele，她试图挽救人类渡过未来的第三次冲击，于是利用初号机融合实验的机会，主动使自己的灵魂完全融合进了这部补完计划的重要工具中。源渡对碇唯此举深感震惊，但他很快开始因势利导实行自己的一套补完方案，将零号机克隆人的Lilith灵魂物质中掺入碇唯的粒子体，甚至使其相貌也模 马 唯，这一制造过程是通过Dummy System实现的，通过这个系统可以由一个主体克隆出无数个分身，分享同一个灵魂。于是，The First Children--零号机专属驾驶员--凌波丽诞生了。绝对服从源渡的她，将刚刚制造完成MAGI超级电脑的赤木博士一顿臭骂后陨命，而被利用完毕的赤木博士也随之自杀身亡。另外一个被利用的人是EVA二号机的研制员，她的灵魂被二号机强行剥夺了一部分导致其精神分裂，其女明日香则被选为The Second Children--建造中的二号机专属驾驶员。对源渡来说二号机难以控制，甚至可能是Seele安放在他身边的制衡力量，因此他试图将最重要的初号机交给自己的儿子以便控制。但将真嗣选为The Third Children却必然招至Seele反对，因此源渡不得不耐心等待机会。
公元2015年6月14日下午12时30分，第三使徒出现，向人类的要塞都市--第三新东京市袭来，关东滨海区全戒严，战略自卫队机甲部队及N2雷（即No Nuclear无核武器，但威力不亚于核炸弹）攻击均宣告无效。源渡的机会终于到了，真嗣正在前来NERV的路上...........
庵野大叔的东西很难懂得
记得头次看剧场版时，完全傻了